Маршрут автоматически может не подниматься, а также может подниматься только на один IP адрес (тот который у микротика и длинка), а не на диапазон. Все зависит от сложности сети и текущей таблицы маршрутизации. В любом случае маршрутизацию придется руками контролировать, причем с обеих сторон, другого способа нет. Сдается мне, что длинк никакой маршрут сам не добавил и ничего не знает про вашу часть сети, поэтому ничего не идет по второму каналу.
У вас два варианта: ставить вместо длинка тоже микротик и все будет летать или поднимать тоннель по-проще. Длинк умеет простейший pptp???
Почему надо обязательно IPsec??? Но и с pptp тоже маршруты придется руками прописывать с двух сторон!
Вот вам пример, он правда не про IPsec, но наглядно показывает, что микротик не всегда все делает сам, да он и не должен.

Микротик сам добавил нижнюю строчку, но этого не достаточно, это только на текущую подсеть, я сам руками добавил верхнюю.
Да, вот еще что, поиграйтесь с параметром Arp, на интерфейсам, которые смотрят в локальную сеть, рекомендуется ставить arp-proxy. Я до сих пор толком не знаю, что именно делает микротик в таком случае, он как-то должен расширенно сканировать сеть на предмет локальных адресов, но описание на английском и довольно мутное, на мой взгляд, но часто изменение этого параметра помогает.
ЗЫ. Столько лет сетями занимаюсь, но никогда бы не взялся объединять длинк с микротиком, первое условие - выбросить длинк, какой бы он красивый и дорогой не был. И дело не в том, что это именно Длинк (!!!), а даже скорее в том, что кроме меня и микротика, нужен еще спец и по Длинку, который хорошо ориентируется в сетях и знает возможности длинка. Уверен, что мост длинк-длинк заработал бы легко и быстро. Последние поделки длинка, что я видел, не так уж и плохи, правда стек из трех коммутаторов заводился с большими проблемами, матом, звонками в техподежку, перепрошивками...