1. Скорее всего не нужно. По-умолчанию, у обычного трафика должен быть самый наименьший приоритет.
Про очереди читайте здесь
http://wiki.mikrotik.com/wiki/%D0%A0%D1%83%D0%BA%D0%BE%D0%B2%D0%BE%D0%B4%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B0:%D0%9E%D1%87%D0%B5%D1%80%D0%B5%D0%B4%D1%8C_(Queue) и еще будет интересно здесь
http://wiki.mikrotik.com/wiki/%D0%97%D0 ... 0%B7%D0%B8правда эти руководства давно не обновлялись, но в целом все верно.
Вообще, со скоростями все не так очевидно. Существует понятие "взрывной трафик", во время которого все эти правила не работают.
2. Попробуйте создать по два правила с каждой стороны. А потом по статистике понаблюдать за их поведением, какие-то будет можно удалить.
По проблеме заиканий: а насколько стабильно работают VPN? Пинги не пропадают? Может проблема где-то в другом месте, например, у провайдера.
Судя по вашим скринам из первого поста 2 мегабита мало и случается обрезка пакетов, установленными вами правилами. Однако, вы говорите про 2-3 звонка одновременно. Учитывая, что скорость голосового вызова по стандартам связи составляет 64 килобита в сек, то нужно, в первую очередь копать в сторону звуковых кодеков. Даже, если увеличить скорость до 128 килобит в сек (учитывая передачу служебной инфы, заголовки IP и UDP пакетов, сам туннель и так далее) , то ваши 2 мегабита должны с легкостью пропустить 10 и больше вызовов. А может быть по VPN что-то еще передается одновременно с голосом???
Какие микротики стоят в офисах, может быть они нагружены под 100% или нагружаются под 100% в момент заиканий? Скорости 5-10 мегабит, конечно, микротик полностью не "положат", но может там по 20000 поключений?